2020年11月16日月曜日

【文献検索ヘルプデスク】PubMedにおけるCOVID-19の検索

 1. 概要

 PubMedにおける新型コロナウイルス感染症(以下,COVID-19)の検索と注意点について解説します。


2. 検索方法

2-1 検索キーワード

 PubMedでは,“covid-19”と検索ボックスに入力して検索すると,COVID-19に関する文献について網羅的に調べることができます。
画面上は”covid-19”としか表示されていませんが,自動的に下記検索式で検索が行われる仕組みになっているからです。

"severe acute respiratory syndrome coronavirus 2"[Supplementary Concept] OR "severe acute respiratory syndrome coronavirus 2"[All Fields] OR "ncov"[All Fields] OR "2019 ncov"[All Fields] OR "covid 19"[All Fields] OR "sars cov 2"[All Fields] OR (("coronavirus"[All Fields] OR "cov"[All Fields]) AND 2019/11/01:3000/12/31[Date - Publication])

 検索式の解釈は次の通りで,これら7つに該当するものを一度に検索しています。11月10日現在,72,655件の文献がヒットします。

 (1) "severe acute respiratory syndrome coronavirus 2"の統制語*がついた論文

 (2) "severe acute respiratory syndrome coronavirus 2"という用語が
   どこかに記載されている論文

 (3) “ncov”という用語がどこかに記載されている論文

 (4) “2019 ncov”という用語がどこかに記載されている論文

 (5) “covid 19”という用語がどこかに記載されている論文

 (6) “sars cov 2”という用語がどこかに記載されている論文

 (7) “coronavirus”または”cov”という用語がどこかに記載された,
   2019年11月1日から3000年12月31日までに出版の論文

*統制語とは
 論文に付与されるタグのようなものです。PubMedでは「MeSH」と呼ばれています。
 COVID-19に関連する論文には,その内容によって“severe acute respiratory syndrome coronavirus 2(SARSコロナウイルス2)”,” COVID-19 vaccine(ワクチン)”などの統制語が付与されます(11月10日現在)。
 統制語の一覧は下記URLより確認可能です。

 https://www.ncbi.nlm.nih.gov/mesh/?term=COVID-19


2-2 Clinical Queries

 臨床医学領域の文献を検索することができるPubMed内のツール”Clinical Queries”を使って,COVID-19について検索することもできます。
 検索ボックスにCOVID-19と掛け合わせて検索したいキーワードを入力し,COVID-19 Articlesフィルターで絞り込みたいカテゴリを選択します。
選択できるカテゴリは下記の通りです。

・General(絞り込みなし)     ・Mechanism(メカニズム,病理)

・Transmission(感染)        ・Diagnosis(診断)

・Treatment(治療,臨床研究)   ・Prevention(予防と管理)

・Case Report(症例報告)     ・Forecasting(予測)

 各フィルターを選択した時に用いられる検索式については,下記サイトをご覧ください。
 https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/help/#covid19-article-filters

 

3. プレプリントについて

 PubMedでCOVID-19について検索すると,雑誌に掲載の論文だけでなく,
プレプリントも検索結果に含まれます。
 PubMedを運営する米国国立医学図書館(以下,NLM)の論文アーカイブサイト,
PMCにCOVID-19に関する一部のプレプリントが収録されているため,
PubMedで検索するとヒットするようになっています。
 プレプリントとは,査読を通過する前の論文のことです。プレプリントの見分け方や検索結果から除外する方法については,下記お知らせをご確認下さい。


5. 医中誌におけるCOVID-19の検索

 国内のCOVID-19関連の論文を調べる際は,医中誌Webを使用してください。医中誌WebにおけるCOVID-19の検索については,次の記事でまとめています。
 https://mncsearch.blogspot.com/2020/11/webcovid-19.html


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