【文献検索ヘルプデスク】医中誌WebにおけるCOVID-19の検索

1. 概要

　医中誌Webにおける新型コロナウイルス感染症(以下，COVID-19)の検索と注意点について解説します。

 

2. 推奨する検索式

　医中誌Webを運営するNPO法人医学中央雑誌刊行会は，次の検索式を推奨しています。

SARSコロナウイルス-2/TH or "コロナウイルス急性呼吸器疾患(2019-nCoV)"/TH or COVID-19/AL or (コロナ/TA and DT=2020)

⇒クリックして医中誌Webで実際に検索する

　この検索式を医中誌Webの検索窓にコピペして検索すると，COVID-19に関する論文を網羅的に検索できます。

　検索式の解釈は次の通りで，これら4つに該当するものを一度に検索しています。

(1)「SARSコロナウイルス-2」の統制語*がついた論文

(2)「コロナウイルス急性呼吸器疾患(2019-nCoV)"」の統制語*がついた論文

(3)「COVID-19」という用語がどこかに記載されている論文

(4)「コロナ」という用語がタイトルか抄録に記載された2020年の論文

　特に(4)に当たる「(コロナ/TA and DT=2020)」という検索式があることで，「新型コロナウイルス感染症」や「新型コロナ」，あるいは単に「コロナ」と記載されているだけの論文も検索できるようにしています。

*統制語とは

論文に付与されるタグのようなものです。医中誌Webでは「シソーラス用語」「医中誌フリーキーワード」と呼ばれています。11月9日現在，COVID-19に関連する統制語は4つあり，それぞれ関連する論文に付与されています。なお(4)に該当する論文は11月9日時点では0件です。
　(1)ウイルスに関する論文：「SARSコロナウイルス-2」
　(2)疾患に関する論文：「コロナウイルス急性呼吸器疾患(2019-nCoV)」
　(3)ワクチンに関する論文：「COVID-19ワクチン」
　(4)タンパク質に関する論文：「SARSコロナウイルス-2スパイクタンパク質」

　

3.実際の検索結果

表1　COVID-19関連用語を使った医中誌Webでの検索結果

No.	検索窓に入力した検索式	ヒット件数
1	SARSコロナウイルス-2/TH or "コロナウイルス急性呼吸器疾患(2019-nCoV)"/TH or COVID-19/AL or (コロナ/TA and DT=2020)	1,830
2	COVID-19	1,433
3	新型コロナウイルス感染症	1,224

検索実施日：2020年11月9日

　それぞれの検索で数百件の違いが生じています。
　論文によって，「新型コロナウイルス感染症」や，「新型コロナ」，「COVID-19」など表現の違いがあるためです。医中誌が推奨するNo.1の検索式は，これらの表現の違いを加味した網羅的な検索ができています。

 

4.COVID-19関連論文検索時の注意点

4-1. 論文が医中誌Webに掲載されるまでには時間がかかる。

医中誌Webをはじめとしたデータベースは，情報を収集し掲載するという工程を踏むため，論文の情報が掲載されるまでに時間がかかります。

掲載後もしばらくは，Pre医中誌という情報が不完全な状態のため検索にヒットしにくいです。COVID-19の最新情報を収集しようとするときには，この点を考慮する必要があります。 

4-2. 医中誌webに掲載されたばかりのデータは検索しにくい

医中誌webに掲載されたばかりのデータをPre医中誌といいます。
このデータは医中誌による加工が行われておらず，もともとの論文情報に合致する検索をしなければなりません。

例えば図1はCOVID-19関連論文ですが，「コロナ」と検索しないとヒットしません。

図1 　Pre医中誌の例

Pre医中誌として医中誌に掲載されてからしばらくすると，シソーラス用語や医中誌フリーキーワードというタグ(≒統制語)が付与されます。これに伴い，Pre医中誌の表記が消えます。図2はその例です。

図2　通常の医中誌データの例

図1と同じようにタイトル中に「コロナ」としか書かれていない論文ですが，シソーラス用語や医中誌フリーキーワードといったタグが付与されており，その効果で「COVID-19」や「新型コロナウイルス感染症」と検索してもヒットします。

COVID-19関連の論文を検索する際は，図1のようなPre医中誌の状態のものがあることを想定した検索式の設計が必要です。
医中誌が推奨する冒頭の検索式を使用することでこの点がカバーできます。

 

5. PubMedにおけるCOVID-19の検索

国外のCOVID-19関連の論文を調べる際は，PubMedを使用してください。PubMedにおけるCOVID-19の検索については，次の記事でまとめています。
　https://mncsearch.blogspot.com/2020/11/pubmedcovid-19.html

 

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【文献検索ヘルプデスク】PubMedにおけるCOVID-19の検索

 1. 概要

　PubMedにおける新型コロナウイルス感染症(以下，COVID-19)の検索と注意点について解説します。

2. 検索方法

2-1 検索キーワード

　PubMedでは，“covid-19”と検索ボックスに入力して検索すると，COVID-19に関する文献について網羅的に調べることができます。
画面上は”covid-19”としか表示されていませんが，自動的に下記検索式で検索が行われる仕組みになっているからです。

"severe acute respiratory syndrome coronavirus 2"[Supplementary Concept] OR "severe acute respiratory syndrome coronavirus 2"[All Fields] OR "ncov"[All Fields] OR "2019 ncov"[All Fields] OR "covid 19"[All Fields] OR "sars cov 2"[All Fields] OR (("coronavirus"[All Fields] OR "cov"[All Fields]) AND 2019/11/01:3000/12/31[Date - Publication])

　検索式の解釈は次の通りで，これら7つに該当するものを一度に検索しています。11月10日現在，72,655件の文献がヒットします。

　(1) "severe acute respiratory syndrome coronavirus 2"の統制語*がついた論文

　(2) "severe acute respiratory syndrome coronavirus 2"という用語が
　　　どこかに記載されている論文

　(3) “ncov”という用語がどこかに記載されている論文

　(4) “2019 ncov”という用語がどこかに記載されている論文

　(5) “covid 19”という用語がどこかに記載されている論文

　(6) “sars cov 2”という用語がどこかに記載されている論文

　(7) “coronavirus”または”cov”という用語がどこかに記載された，
　　　2019年11月1日から3000年12月31日までに出版の論文

*統制語とは
　論文に付与されるタグのようなものです。PubMedでは「MeSH」と呼ばれています。
　COVID-19に関連する論文には，その内容によって“severe acute respiratory syndrome coronavirus 2（SARSコロナウイルス2）”，” COVID-19 vaccine（ワクチン）”などの統制語が付与されます（11月10日現在）。
　統制語の一覧は下記URLより確認可能です。
　https://www.ncbi.nlm.nih.gov/mesh/?term=COVID-19

2-2 Clinical Queries

　臨床医学領域の文献を検索することができるPubMed内のツール”Clinical Queries”を使って，COVID-19について検索することもできます。
　検索ボックスにCOVID-19と掛け合わせて検索したいキーワードを入力し，COVID-19 Articlesフィルターで絞り込みたいカテゴリを選択します。
選択できるカテゴリは下記の通りです。

・General（絞り込みなし）　　　　　・Mechanism（メカニズム，病理）

・Transmission（感染）　　　　　　  ・Diagnosis（診断）

・Treatment（治療，臨床研究）　　　・Prevention（予防と管理）

・Case Report（症例報告）　　　　　・Forecasting（予測）

　各フィルターを選択した時に用いられる検索式については，下記サイトをご覧ください。
　https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/help/#covid19-article-filters

 

3. プレプリントについて

　PubMedでCOVID-19について検索すると，雑誌に掲載の論文だけでなく，
プレプリントも検索結果に含まれます。
　PubMedを運営する米国国立医学図書館（以下，NLM）の論文アーカイブサイト，
PMCにCOVID-19に関する一部のプレプリントが収録されているため，
PubMedで検索するとヒットするようになっています。
　プレプリントとは，査読を通過する前の論文のことです。プレプリントの見分け方や検索結果から除外する方法については，下記お知らせをご確認下さい。

・文献検索情報: 【文献検索ヘルプデスク】PMCに新型コロナウイルスに関するプレプリントが収録されました

5. 医中誌におけるCOVID-19の検索

　国内のCOVID-19関連の論文を調べる際は，医中誌Webを使用してください。医中誌WebにおけるCOVID-19の検索については，次の記事でまとめています。
　https://mncsearch.blogspot.com/2020/11/webcovid-19.html

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【文献検索ヘルプデスク】PubMedアップデートのお知らせ（2020年9-10月）

PubMedのPublication Dateフィルターと，Clinical Queriesページが
アップデートされました。

・Publication Dateフィルター
　Publication Dateフィルターは，PubMedで検索した後の検索結果一覧に
　おいて，左側に表示されるフィルターの1つです。
　検索結果を出版年で絞り込みすることができます。
　これまでのPubMedでは，1year，5years，10yearsの選択肢しか
　ありませんでした。
　しかし，アップデート後はCustom Rangeの項目が追加され，自分で
　出版年月日を範囲指定して絞り込みができるようになりました。

・Clinical Queries
　PubMedにある臨床医学領域の論文のみを対象に検索することができます。

　今回アップデートされたのは下記3点です。

1.   画面デザインのリニューアル

　　New PubMedと同じ画面デザインになりました。

　

2.　COVID-19 Articles
　　新型コロナウイルス感染症に関する文献について，治療，症例など
　　カテゴリ別に絞り込みをして検索することができる機能が追加されました。

　

3.　Systematic Reviewsフィルター，Medical Geneticsフィルターの削除
　　以前はトップページの検索ボックスの下にあるフィルターを用いて
　　システマティックレビューのみ，また遺伝医学に関わるトピックで
　　文献を絞り込み検索することができましたが，トップページから
　　これらのフィルターがなくなり，絞り込みの方法が変わりました。

　　システマティックレビューに絞り込みたい場合は， 検索後，
　　"See all"をクリックすると表示される検索結果一覧の画面で，
　　Article Typeフィルターの”Systematic Review”をクリックします。
　

　　遺伝医学に関わるトピックで絞り込みをしたい場合は，検索ボックスに
　　"フィルター名[Filter]"と手入力し，キーワードと掛け合わせて検索します。
　　例えば，"sickle cell anemia（鎌状赤血球貧血）"について，
　　"genetic counseling（遺伝カウンセリング）"で絞り込みを行いたい時は
　　下記のように入力して検索します。
　　　sickle cell anemia AND genetic counseling[Filter]

　　検索に用いることができるMedical Geneticsフィルターは以下の通りです。
　　　・Diagnosis
　　　・Differential Diagnosis
　　　・Clinical Description
　　　・Management
　　　・Genetic Counseling
　　　・Molecular Genetics
　　　・Genetic Testing
　　　・Medical Genetics
　　Medical Geneticsフィルターについて，詳しくはこちらをご覧ください。

【文献検索ヘルプデスク】10月31日にlegacy PubMedが廃止されます

10月31日に，PubMedの旧バージョン(legacy PubMed)が

廃止されることが発表されました。

PubMedは昨年11月より新しいバージョン(New PubMed)が利用可能となり，
今年5月からはNew PubMedがデフォルトとなっています。

10月23日現在はlegacy PubMedも並行して利用可能となっていますが，
10月31日以降は利用ができなくなります。

詳しくは下記サイトをご覧ください。

・NCBI Insights : New PubMed updates and retirement of legacy PubMed on October 31
　https://ncbiinsights.ncbi.nlm.nih.gov/2020/10/21/legacy-retired/

参考：NCBI RSS Feed: PubMed New and Noteworthy

　　　（PubMedのアップデート最新情報）
　　　https://www.ncbi.nlm.nih.gov/feed/rss.cgi?ChanKey=PubMedNews

文献検索ヘルプデスクでは，PubMedのアップデート情報を
随時情報発信していますので，ぜひご覧ください。

・東邦大学メディアセンターヘルプデスク文献検索情報: PubMed

　https://mncsearch.blogspot.com/search/label/PubMed

また，検索に関する悩み・疑問がありましたら，お気軽にご相談ください。
個別対応のほか，グループで受講する講習会の開催もご相談いただけます。

相談申込方法はこちら

【文献検索ヘルプデスク】PubMedの追加アップデート内容が発表されました

MLA2020(米国医学図書館協会の年次大会)にて，PubMedの追加アップデート内容について発表がありました。

【9月2日現在，既に実装されているもの】

・検索結果の並び順を，筆頭著者名順や雑誌名順に変更できるようになりました。

・検索結果一覧に，スニペット*を表示しないオプションが追加されます。
　　*文献のアブストラクトから,検索キーワードに関連が深い部分を抜粋したもの。

・検索結果を出力する際の表示形式で，PMID一覧やPubMed形式(旧・MEDLINE形式)が
　選択できます。

【今後予定されているアップデート】

・Clinical Queries*ページがリニューアルされます。

　 *PubMedの関連サービスの1つ。
　　PubMedにある臨床医学領域の論文のみを対象に検索することができます。

・検索結果画面のフィルターのメニューに，日付を範囲指定して絞り込みを行う
　フィルターが追加されます。

・旧PubMedの詳細表示画面にあった，Related Information機能が逐次追加されます。
　関連する文献や，MedGen*に収録されている関連情報へのリンクなどが設置予定です。
 　*PubMedと同じく，NLM(米国国立医学図書館)が提供するデータベース。
　　人間の遺伝性疾患や，遺伝子の表現型に関する情報を検索することができます。

・MyNCBIに，以下の機能が追加されます。

　- 検索結果画面で，文献情報の中の検索タームを任意の色や太字でハイライトする
　　ことができるようになります。

　- 複数のリンクリゾルバを設定することができるようになります。
　　例えば東邦大学と他の大学で勤務している場合，検索結果に「Link@東邦大学」と
　　他の大学の文献入手のためのリンクアイコン両方を表示させることができます。

MLA2020は，新型コロナウイルス感染拡大防止のためオンラインでの開催となりました。

追加アップデートについて発表があった"PubMed Update - Medical Library Association (MLA) 2020 Virtual Conference"は動画配信となっています。
動画では，昨年11月に新しいPubMedが公開されてから現在までに追加された，上記以外の機能も紹介しています。

また，”MLA 2020: National Library of Medicine Updates”では，動画の内容をPowerPoint形式でダウンロードすることができます。
ぜひご活用ください。

【文献検索ヘルプデスク】ポスター「引用を使った文献検索のご紹介」を掲示しました。

医学メディアセンター本館のCommunication Squareに新しいポスターを掲示しました。

今回は，「引用を使った文献検索のご紹介」と題し，
自然科学分野の文献情報データベースである　”Web of Science”　を紹介しています。

Web of Scienceは，引用情報を使って関連する文献を探すのに適したデータベースです。
引用関係をたどることで関係性のある論文を見つけることができます。

また自分の論文の被引用数も探すことができます。

ポスターではその方法について解説しています。

掲示しているポスターのPDF版を以下のURLからダウンロードできます。
こちらもご利用ください。
 https://www.mnc.toho-u.ac.jp/mc/doc/mmc/searchposter_20200729.pdf

【文献検索ヘルプデスク】PMCに新型コロナウイルスに関するプレプリントが収録されました

PMC(米国国立医学図書館（NLM）が運営する，無料の論文アーカイブサイト)に，
新型コロナウイルスに関するプレプリント*が収録され，PubMedでも検索できる
ようになりました。
これは，NLMのプレプリントの利用に関する試行プロジェクト，
"NIH Preprint Pilot"によるものです。
現在は，プロジェクトの第1段階にあたります。新型コロナウイルスに関する
出版物やプレプリントをまとめた"iSearch COVID-19 Portfolio"のうち，
著者がNIH所属，またはNIHから支援を受けている研究のプレプリントが
PMCに収録されています。

・プレプリントの見分け方
　プレプリントは，PubMedの検索結果の画面では，DOIの後ろに
　"Preprint"と表示されています。
　詳細表示画面では，上部に"This article is a preprint"という
　緑色のサインが表示されます。
　タイトル上部には，査読前の論文のため，収録雑誌名ではなく
　掲載されているプレプリントサーバー名が記載されています。
　現在PubMedで検索できるプレプリントは全てPMCに収録されているため，
　"PMC Full text"アイコンより無料で閲覧可能です。

・PubMedでの検索について

　プレプリントは，「preprint[pt]」という検索式を使用するか，

　検索結果画面のフィルターでArticle typeを「Preprint」に絞り込むことで

　検索することができます。

　検索結果からプレプリントを除外したい場合は，「Advanced Search Builder」で

　任意の検索式と「preprint[Publication Type]」をNOTで掛け合わせて検索します。

　詳しくは，PubMed【東邦版】の使い方をご覧ください。

 *プレプリント：査読を通過する前の論文のこと。プレプリントをアップロードし

　　　　　　　　公開するためのインターネット上のサーバーを「プレプリント

　　　　　　　　サーバー」と呼びます。

　　　　　　　　今回収載対象となった"iSearch COVID-19 Portfolio"には，

　　　　　　　　新型コロナウイルスに関する論文の多いプレプリントサーバー

　　　　　　　　（medRxiv，bioRxiv，ChemRxiv，arXiv，Research Square，

　　　　　　　　SSRN）にアップロードされたプレプリントが収録されています。

　　　　　　　　プレプリントの公開は，論文投稿後迅速に研究成果が共有できる，

　　　　　　　　世界中の研究者が無料で論文を閲覧できる，著者が研究の先取性を

　　　　　　　　確保できるなどのメリットがあります。一方で，原稿の質の確認を

　　　　　　　　行うことが難しいという課題もあります。